Sekundäre Pflanzenstoffe sind chemische Verbindungen, die nicht im primären Stoffwechsel, welchen jede Zelle betreibt sondern im sekundären Stoffwechsel von speziellen Zelltypen produziert werden. Diese Stoffe sind von großer Bedeutung für die gesamte Pflanze. Die wichtigsten Gruppen sind:

• Phenolische Verbindungen: einfache Phenole, Polyphenole, Xanthone, Phenylpropanoide, Stilbene und ihre Glykoside
• Isoprenoide Verbindungen: Terpene, Steroide und ihre Glykoside; Carotinoide, Speicherlipide
• lkaloide: z. B. Koffein und Nikotin
• Aminosäuren wie Alliin oder Canavanin

Bei sekundären Pflanzenstoffen handelt es sich um Farb-, Abwehr- und Schutzstoffe sowie Wachstumsregulatoren. In bestimmten Pflanzenfamilien finden sich typische Verbindungen, wie z.B. schwefelhaltige Stoffe in Knoblauch und Zwiebelgewächsen. Die meisten dieser Substanzen haben einen typischen spezifischen Geruch oder Geschmack und können diesbezüglich für die Besonderheiten dieser Pflanze verantwortlich sein. Auch bei der Farbe können sie eine Rolle spielen.

Die sekundären Pflanzenstoffe kommen nur in sehr geringer Konzentration vor. Bekannt sind derzeit rund 30.000 verschiedene Pflanzenstoffe. Insbesondere Pflanzenfresser nehmen also eine Vielzahl verschiedene sekundäre Pflanzenstoffe mit ihrer Nahrung auf.

Ihre Wirkung auf den Organismus eines Tieres sind sehr unterschiedlich. Sie haben sowohl gesundheitsförderliche als auch gesundheitsschädliche Wirkungen. Einige Tierarten haben spezielle Anpassungen an problematische Stoffe entwickelt, um mit diesen zurecht zu kommen. Anpassungen gibt es im Verhalten (Vermeidungsstrategien) sowie der enzymatischen und mikrobiellen Entgiftung.

Es sind zahlreiche Wirkungsweisen von sekundären Pflanzenstoffen bekannt. Blutdruck- und verdauungsregulierende Wirkung, hormonähnliche Wirkungen, Immunsystem unterstützend, entzündungshemmend etc.. Die Wirkungen sind äußert vielfältig. In größeren Mengen können die meisten der sekundären Pflanzenstoffe toxisch wirken, schaden und im schlimmsten Fall töten. In entsprechend geringen Mengen hingegen tragen sie zu einem gesunden Tier bei.

Die Tiere lernen durch testen in kleinen Mengen die Wirkungsweise der Futtermittel kennen. Auch das Beobachten von Artgenossen kann Erkenntnisse bringen.

Bei Beachtung einiger Grundregeln und durch eine ausgewogene Ernährung ist ein Tier daher in der Lage, auch mit problematischen Futterpflanzen zurechtzukommen und daraus einen vielfältigen und wichtigen Nutzen zu ziehen.

Hauptartikel: Selektion/Nahrungswahl

Beispiele einiger sekundärer Pflanzenstoffe und ihre Wirkung:

Gruppe	Einige typische Vertreter	Hauptsächliche Wirkung
Carotinoide	Alpha-, Beta-Carotin, Lutein	Antikanzerogen, antioxidativen, immunmodulierend
Flavonoide	Gallussäure, Kaffeesäure, Catechine	Antikanzerogen, antimikrobiell, , antithrombotisch, immunmodulierend, antiphlogistisch
Phytosterinerend	Campesterinerend, Sigmasterinerend	Antikanzerogen cholesterinsenkend
Phytoöstrogene	Isoflavonoide-Daidzein, Genistein, Lignane	Antikanzerogen, antioxidativ
Sulfide	Alliin, Allicin	Antikanzerogen, antimikrobiell, , antithrombotisch, immunmodulierend, antiphlogistisch

Sekundäre Pflanzenstoffe spielen eine wichtige Rolle für die Gesundheit und Robustheit der Tiere. Daher ist eine abwechslungsreiche, vielfältige, naturnahe Ernähung sehr wichtig. Haben die Tiere durch eine ausreichendes Angebot die Möglichkeit, zu selektieren, wählen sie die Pflanzen aus, die sie benötigen. So können auch eher problematische Pflanzen angeboten und von den Tieren gewählt werden.

Allerdings sollte das Heimtier nicht unnötig vermeidbaren Gefahren ausgesetzt werden. Stark oder tödlich giftige Pflanzen sollten auf jeden Fall gemieden werden. Schaden bereits kleine Mengen einer Pflanze dem Tier, sollte diese Pflanzen keinesfalls gefüttert werden.

Vorsicht ist auch bei Tieren geboten, welche industrielle Nahrung gefüttert bekommen. In solchen Fällen ist es möglich, dass die Tiere nicht über das nötige Selektionsvermögen verfügen.